Jusqu'à l'époque de l'érection des nouveaux évêchés des Pays-Bas, sous le règne de Philippe II, Nivelles dépendit du diocèse de Liège et du concile ou doyenné de Fleurus. A cette époque, presque tout le Brabant wallon fut soustrait à l'autorité spirituelle des successeurs de saint Lambert. Nivelles devint la résidence d'un doyen, dont la juridiction s'étendit sur vingt-huit paroisses ; on retrancha de ce doyenné : en 1639, Genval et Ohain, et, plus tard, on lui enleva encore Braine-l'Alleu et Plancenoit. En outre, on supprima, à Nivelles, les paroisses de Saint-Jean Baptiste et de Saint-André. A la fin du siècle dernier, l'autorité du doyen de Nivelles s'exerçait sur les églises-mères de Hennuyères, d'Ittre, de Notre-Dame à Nivelles, de Seneffe et de Wauthier-Braine ; les églises médianes de Baulers, de Saint-Jacques à Nivelles, de Saint-.Jean-Baptiste dans la même ville, d'Oiskerque et de Petit-Rœulx-lez-Braine, et enfin les quartes-chapelles d'Arquennes, de Bornival, de Familleureux, de Lillois, de Monstreux, d'Ophain, de Petit-Rœulx-lez-Nivelles, de Ronquières, de Thines, de Virginal et de Witterzée.
Lors du concordat, tout le département de la Dyle (aujourd'hui, la province de Brabant) fut compris dans l'archevêché de Malines. Chaque canton de justice de paix eut sa cure primaire. Le premier canton de Nivelles et sa cure de Sainte-Gertrude comptèrent six succursales : Bornival, Braine-le-Château, Ittre, Oiskerque, Tubise et Virginal. Saint-Nicolas et le Saint-Sépulcre devinrent des succursales de la cure de Braine-l’Alleu, dans le second canton de justice de paix de Nivelles Une décision archiépiscopale, en date du 29 août 1837, a bouleversé cette circonscription et créé dans le diocèse vingt-quatre doyennés. Celui de Nivelles comprend actuellement : la cure primaire de Sainte-Gertrude de Nivelles, les cures secondaires de Braine-l’Alleu et de Houtain-sur-Dyle, les succursales de Baisy, de Baulers, de Bornival, de Bousval, de Genappe. de Gentinnes, de Glabais.de Haut-Ittre, d'Ittre, de Lillois, de Loupoigne, de Maransart, de Marbais, de Mélery, de Monstreux, de Saint-Nicolas à Nivelles, du Saint-Sépulcre près de la même ville, d'Ophain. de Plancenoit, de Sart-Dame-Aveline, de Thines, de Thilly, de Vieux-Genappe, de Villers-la-Ville, de Virginal, de Waterloo, de Wauthier-Braine et de Ways, et enfin les chapelles reconnues de Tangisart, à Baisy ; de Marbisoux, à Marbais, et de Bois-Seigneur-lsaac, à Ophain.
Pour faire droit aux réclamations des Brabançons, qui avaient obtenu des empereurs d'Allemagne le privilège de ne pouvoir être cités en justice devant des tribunaux étrangers, les évêques de Cambrai et de Liège instituèrent pour ce pays des officiaux particuliers, qui siégeaient : celui de Cambrai, a Bruxelles ; celui de Liège, à Louvain. Lors de l'établissement du diocèse de Namur, Nivelles fut désigné pour la résidence d'un dignitaire ecclésiastique investi de fonctions analogues. Les dissentiments qui s'élevèrent entre l’évêque et les Nivellois, du temps du duc d'Albe et du commandeur de Kequesens, et dont nous avons parlé au chapitre HISTOIRE, déterminèrent le prélat à transférer sa cour spirituelle ou officialité à Gembloux. Un de ses successeurs voulut placer cette institution à Namur, dans un bâtiment qui aurait été séparé du comté de Namur et réuni au Brabant. Lorsque, le 3 décembre 1628, le conseil de Brabant consulta à ce sujet les états du duché, les deux premiers ordres accueillirent sa proposition avec faveur, mais les chefs-villes la repoussèrent. En 1630, l’évêque Engelbert Des Bois étant venu à Nivelles pour la première fois, les rentiers et jurés tentèrent auprès de lui, mais sans succès, une démarche, afin d'obtenir le retour de l'officialité dans leur ville. Cela ne s'accomplit qu'en 1732 ; on s'était plaint très vivement de ce qu'on ne trouvait pas à Gembloux de personnes lettrées, en état de siéger avec l'official. Les états de Brabant insistèrent d'abord pour que l'official eut en Brabant une résidence fixe, soit à Gembloux, soit à Nivelles (11 mai 1729), puis demandèrent la translation de la cour spirituelle dans cette dernière ville, avec offre de payer au prélat 6,000 florins, aussitôt que cette mesure serait décrétée et mise à exécution (12 octobre 4729).
Par une bulle datée de Home, le 20 mai 1641, le pape Urbain VIII, à la demande de l'évêque Engelbert Des Bois, divisa l'archidiaconé de Namur en deux parties, composées : la première, de la fraction namuroise ; la seconde, de la fraction brabançonne du diocèse. Le souverain pontife motiva sa décision sur l'urgence d'avoir dans le Brabant-wallon un archidiacre particulier, afin de veiller à la conservation de la foi catholique, qui y souffrait fréquemment de la présence des hérétiques. L'archidiaconé existant possédait d'ailleurs un revenu de 700 florins, suffisant pour l'entretien de deux archidiacres. Les évêques de Namur habitaient à Nivelles une maison que l'on appelait le Refuge de l'évêché, et qui fut vendue, comme bien national, le 6 germinal an VllI, pour 130,000 livres. Elle était située dans la rue qui a conservé le nom de Rue de l'Évèché.
Dès l'année 1225, il existait déjà à Nivelles, aux alentours de la collégiale et de Saint-Paul, neuf autres églises: Notre-Dame, qui était alors l'unique église paroissiale de Nivelles et de son territoire ; Saint-Jean, Saint-André, Saint-Nicolas, Saint-Maurice, Saint-George, Saint-Cyr, le Saint-Sépulcre, Saint-Jacques. Cette année, la chanoinesse Aleyde de Henripont légua quatre deniers au pléban ou curé de Notre-Dame et aux chapelains de chacun des autres oratoires. Les trois prêtres de l'unique paroisse de Nivelles : maître Adam, maître Berner et Silvain, qui étaient qualifiés, le premier d'investi, les suivants de plébans, et remplissaient les fonctions pastorales à Notre-Dame, ne suffisant plus aux besoins d'une population toujours croissante, le prévôt Iwain, à qui appartenait la collation de cette cure, provoqua l'érection en paroisses de huit des oratoires précités, de la chapelle de Notre-Dame de Gouthal et de celle qui se trouve à Thines. Notre-Dame conserva la supériorité sur les autres paroisses, où on devait immédiatement cesser les offices, quand ces derniers cessaient à Notre-Dame. Tous les curés devaient assister à la messe dans cette église, le jour de sa dédicace, et payer à la fabrique un cens annuel de 12 deniers de Louvain, dont on n'exempta que Notre-Dame de Gouthal. Aucune église ne pouvait mettre ses cloches en branle, soit le matin, soit l'après-midi, avant l'église de Notre-Dame, et tout habitant de la ville pouvait choisir ce temple pour lieu de sépulture. Les onze curés obtinrent le droit d'administrer tous les sacrements. Ils furent assujettis à se réunir trois fois L'an pour se concerter sur les affaires qui étaient de leur compétence. Cette division en paroisse fut décrétée, en mai 1231 par le cardinal Othon, légat du Saint-Siège, et effectuée, avec le consentement du chapitre, par les soins de l'évêque de Liège, Jean d'Aps, de l'abbé de Floreffe, et de maître Hugues, écolâtre du chapitre de Saint-Paul, de Liège. Le pape Calixte la confirma en l'année 1456.
Au mois de juillet 1231, une part des dîmes et des offrandes fut assignée à chacun des nouveaux curés, à charge de prestations annuelles à payer, à titre viager, à Iwain, l'ancien pléban de Notre-Dame, à maître Berner, qui était alors investi ou curé de cette église, et à maître Adam, son prédécesseur. Wichard, clerc de Notre-Dame, devait aussi recevoir, par an et sa vie durant, un demi-muid de seigle et un demi-muid d'avoine. Iwain s'était réservé le produit des grandes et petites dîmes dans les quartiers Al Saulx et Rognon, 8 livres de Louvain, 3 muids d'avoine et 3 muids de seigle. L'évêque de Liège approuva encore ces transactions, le jour des saints Pierre et Paul, de la même année. Les curés de Nivelles percevaient en commun une part de la dîme, et cette part se déposait dans un bâtiment que l'on appelait la Grange des dix curés de la ville.
Les guerres de religion ayant amené une diminution effrayante dans la population et la ruine de plusieurs églises, les curés de Notre-Dame, de Saint-Jacques et de Saint-Jean-Baptiste obtinrent du chapitre la réduction des paroisses à trois (26 août 1585) ; mais, l'année, suivante, par une décision que son successeur confirma le 3 janvier 1601, l'évêque de Namur, François de Wallon-Capelle, en maintint cinq. Saint-André et Saint-Jean-l'Evangéliste (substituée, en 1550, à Saint-Nicolas) furent conservées, mais n'eurent d'abord que de simples desservants. Saint-Maurice et Saint-George étaient abandonnées et passèrent bientôt : la première aux Annonciades, la seconde aux Jésuites. Saint-Cyr et Notre-Dame de Gouthal avaient été détruites et ne furent plus relevées. Le Saint-Sépulcre se rouvrit, mais simplement comme annexe.
Quant à Thines, cette paroisse fut complètement séparée de Nivelles, en 1590. A partir de cette époque, il y eut à chaque instant des contestations pour la suppression de l'une ou de l'autre paroisse. La portion congrue ou compétence des curés était insuffisante, ce qui força ces ecclésiastiques, en 1628, à en réclamer l'augmentation par la voie judiciaire. La diminution de leur nombre aurait amélioré leur position. Le 25 mai 1607, ils proposèrent au chapitre d'unir la paroisse de Saint-Jean-Baptiste à celle de Saint-André; en 1676, le chapitre prit l'initiative d'une mesure analogue, et, le 12 juin 1688, proposa la suppression des paroisses de Notre-Dame et de Saint-Jean-Baptiste.
Le 31 mars 1721, le chapitre résolut de réclamer la suppression de Saint-Jacques, de Saint-Jean-l’Evangéliste et de Saint-Jean-Baptiste. Une sentence de l'official de Namur au Brabant wallon, en date du 26 novembre suivant, et basée sur la faible distance qui séparait les églises, «qui étaient au plus à deux jets de pierre l'une de l'autre », et sur l'insuffisance des revenus des cures, approuva ce projet, dont l'évêque ajourna la sanction, faute d'informations suffisantes, le 5 décembre. Appel ayant été interjeté, l'abbé de Grimberghe, juge synodal de l'archevêché de Malines, ordonna la suppression des paroisses de Saint-Jean-Baptiste et de Saint-André, et condamna les pasteurs et les paroissiens appelants à une moitié des dépens, l'autre moitié restant compensée (30 juillet 1725).
Le chapitre rentra bientôt en liceb; il résolut, le 17 juillet 1733, de demander la suppression des paroisses de Saint-André et de Saint-Jean-Baptiste, et, le 18 novembre, de consulter à ce sujet Louvrex, « le très-habile canoniste de Liège ». A la demande de ce corps, la gouvernante générale des Pays-Bas ordonna de surseoir à la collation des deux cures (13 octobre 1733). De là de nouveaux débats ; on recourut au conseil de Brabant, qui décida, par sentence interlocutoire du 14 mai 1751, que son intervention dans l'affaire était indispensable, et ordonna aux parties, le 30 octobre suivant, de comparaître par-devant des commissaires choisis dans son sein. Une sentence du 13 mars 1753 décréta le maintien de la paroisse de Saint-Jacques, l'annexion de celle de Saint-André à celle de Notre-Dame, et l'union de celle de Saint-Jean-Baptiste à celle de Saint-Jean-l’Evangéliste. L'une des deux églises dépouillées de ses prérogatives pouvait subsister comme simple chapelle ; l'autre devait être démolie et on en emploierait les matériaux à agrandir Notre-Dame. Aux deux dernières paroisses devaient être attachés trois vicaires, dont un pour l'église conservée comme chapelle ; chacun d'eux recevrait 200 florins par an, et le vicaire du Saint-Sépulcre en aurait 400. Les trois membres de la ville ayant refusé de faire choix de l'église à maintenir, le conseil de Brabant désigna celle de Saint-Jean-Baptiste (15 janvier 1754).
L'autorité ecclésiastique ayant voulu arrêter l'effet de ces dispositions, le conseil défendit à l'official d'en connaître (16 novembre 1754); déclara, le 12 septembre 1755, que la sentence portée, le 10 juin précédent, par le juge synodal Le Clercq, pour la suppression des deux paroisses, ne pouvait mettre obstacle à l'exécution des siennes ; ordonna, le 16 du même mois, de fermer, dans les trois jours, l'église de Saint-André, où on continuait, malgré ses ordres, l'office divin, et défendit au desservant de Saint-Jean-Baptiste de continuer à administrer les sacrements, et porta enfin, le 23 avril 1757, un décret qui enjoignait au maire de Nivelles de veiller à l'exécution de la sentence du 13 mars 1753. L'autorité ecclésiastique avait continué à agir de son côté, mais le conseil tint bon, et ses décisions furent maintenues. En 1774, le chapitre, toujours désireux d'alléger ses charges, afin d'avoir moins d'édifices religieux à entretenir ou à reconstruire, d'ecclésiastiques à salarier, plaida pour la réduction de toutes les paroisses en une seule, celle de Notre-Dame, avec une seule succursale, le Saint-Sépulcre. Cette fois il échoua. L'évêque de Namur, consulté par le gouvernement, déclara les trois paroisses nécessaires au bien de la religion et au salut des âmes (25 juin 1774). On projeta aussi de transformer la collégiale eu paroissiale, mais ce projet échoua devant l'énergique opposition de l'abbesse.
En 1784, lorsqu'on s'occupa d'une nouvelle répartition des paroisses dans les Pays-Bas autrichiens, le magistrat de Nivelles proposa de rendre ce rang à l'église de Saint-Jean-Baptiste, et de doter la banlieue de deux paroisses : le Saint-Sépulcre et l'église du couvent supprimé des Guillemins. Ce projet n'eut aucune suite. Quelques années après survinrent l'invasion française, la fermeture des églises, et la vente et la démolition de plusieurs d'entre elles. La collégiale fut seule maintenue comme édifice servant au culte (12 vendémiaire an VI); puis, quelque temps après, on la ferma provisoirement et on mit les scellés sur les objets qu'elle contenait (15 pluviôse). Après la destruction de l'église Saint-Paul elle devint le temple de la loi. Plus tard, les citoyens Hennau, Colpaint, Savary et Warroquier en demandèrent la réouverture, en offrant d'y faire les réparations nécessaires (pluviôse an IX). A la suite du concordat, un décret archiépiscopal, du 6 juin 1803, établit à Nivelles trois paroisses : une cure, l'ancienne collégiale, sous le vocable de Sainte-Gertrude, et deux succursales, l'ancienne église de Saint-Jean-l’Evangéliste, qu'on s'habitua à appeler de Saint-Nicolas, et celle du Saint-Sépulcre. Saint-Jacques et Notre-Dame furent vendues au commencement de l'année 1813, au profit de l'église de Sainte-Gertrude et pour la somme de 4,680 francs, en vertu d'un décret impérial en date du 14 juillet 1842. Voici, d'après les renseignements des parties intéressées, la démarcation des trois paroisses de Nivelles, qui a été fixée par l'archevêque de Malines, le 1er juillet 1803.
Sainte-Gertrude. — On part du point où s'élevait la porte de Namur ; on traverse la ville en prenant par la rue de Namur, le Marché au Bétail, la Grande-Place, la rue de Mons; on suit la route de Mons jusqu'au Hai-«aut, dont on longe la limite, vers le N. 0., pour englober, sur Monstreux, la barrière Saint-Michel, la ferme de la Tuilerie et quelques autres maisons ; on franchit le chemin de fer de Manage, en pénétrant sur le territoire de Monstreux ; on rejoint l'ancien chemin de Soignies, que l'on suit vers le nord-est jusqu'au Ri des Corbeaux, où il devient mitoyen entre Monstreux et Nivelles ; on côtoie la limite, en passant près de l'arbre Sainte-Gertrude, jusqu'à la rencontre du chemin pavé venant du moulin de Godron ; on se dirige par ce chemin vers la Borne ou Moulin Clipoliau, où il se confond avec le grand chemin de Braine-le-Comte et forme la limite entre Monstreux et Nivelles ; on parcourt successivement la ligne de démarcation entre Nivelles et Monstreux, Bornival, Ittre ; on rentre sur le territoire de Nivelles par le chemin de Tubise, en passant à Montifaut, Saint-Pierre et Sainte-Anne, et cédant à la paroisse de Monstreux les fermes nivelloises de la Loge, Houlers et Petit-Houlers ; on parvient à la barrière de la route de Hal ; on prend le chemin de Hal ou du Tienne-Saint-Roch ; on se dirige, d'après le tracé de l'ancienne enceinte de la ville, le long des boulevards des Archers et delà Fleur de lis ; et on rejoint enfin son point de départ.
Saint-Nicolas. — On part de l'emplacement de l'ancienne porte de Namur ; on suit la ligne qu'occupaient les remparts, le long des boulevards de l'Esplanade et de l'Hôpital général ; on pénètre dans le faubourg par la route de Charleroi, que l'on quitte vers la campagne des Quatre-Vents ; on parcourt l'ancien chemin de Gosselies (même dans ses parties actuellement supprimées), jusqu'à la limite de Buzet, en négligeant la barrière des Trois-Tilleuls et annexant la Belle-vue ; on côtoie la limite entre Nivelles et Buzet, Obaix, Petit-Roeulx, Arquennes ; on prend la route de Mons, pour se diriger vers la ville ; on traverse Nivelles par la rue de Mons, la Grande-Place, le Marché au Bétail et la rue de Namur; et on se retrouve à son point de départ.
Saint-Sépulcre. — On part de l'endroit où s'élevait la porte de Charleroi ; on suit le tracé des anciens remparts le long des boulevards jusqu'à l'emplacement de la porte Sainte-Anne ; on monte le Tienne-Saint-Roch ou ancien chemin de Hal ; on prend, à la barrière de la nouvelle route, le chemin de Tubise, que l'on n'abandonne qu'à l'extrémité du territoire de la commune ; on côtoie la limite entre Nivelles et Ittre, Haut-Ittre, Ophain, Baulers, Thines, Houtain-sur-Dyle, Rêves, Buzet ; on parcourt l'ancien chemin de Gosselies (même dans ses parties supprimées), en négligeant la Belle-Vue et annexant la barrière des Trois-Tilleuls; on rejoint la route de Charleroi près de la campagne des Quatre-Vents; et on revient enfin à son point de départ.
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